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RNA干擾實(shí)驗
(如需詳細資料,請聯(lián)系超博科技小凌)
一、磷酸鈣轉染法
【實(shí) 驗 原 理】
磷酸鈣沉淀法是基于磷酸鈣-DNA復合物的一種將DNA導入真核細胞的轉染方法。磷酸鈣
有利于促進(jìn)外源DNA與靶細胞表面的結合。磷酸鈣-DNA復合物粘附到細胞膜并通過(guò)胞飲
作用進(jìn)入靶細胞,被轉染的DNA可以在細胞內進(jìn)行瞬時(shí)表達,也可整合到靶細胞的染色體
上從而產(chǎn)生不同基因型和表型的穩定克隆。該方法可廣泛用于轉染許多不同類(lèi)型的細胞。
【儀器、材料和試劑】
(一)儀器、用具
CO2培養箱、10cm細胞培養平板、巴斯德吸管、微量移液器、15ml錐形管、燒杯、量筒
等。
(二)材料
呈指數生長(cháng)的真核細胞BALB/c 3T3
CsCl純化的表達質(zhì)粒DNA
(三)試劑
1.*培養液
DMEM 90ml
FCS 10ml
2.2M CaCl2,過(guò)濾除菌,-20℃保存備用
3.2×HEBS (g/500ml)
NaCl 8.0
KCl 0.38
Na2HPO4.7H2O 0.19
HEPES 5.0
葡萄糖 1.0
用NaOH調pH至6.95,過(guò)濾除菌后,-20℃保存備用。
【方法與步驟】
1.在10cm的培養板上接種1×106個(gè)BALB/c 3T3細胞
第二天進(jìn)行轉染
2.準備CaPO4沉淀
2.1 準備兩組試管
在A管中加入: 15μg質(zhì)粒DNA
69μl 2M CaCl2
460μl重蒸水
在B管中加入: 550μl 2×HEBS
2.2 用巴斯德吸管將 A 管中的溶液緩慢地逐滴加入在 B 管中,同時(shí)用另一吸管吹打 B 管溶
液,整個(gè)過(guò)程需緩慢進(jìn)行,至少需持續1~2min。
2.3室溫靜置30min,出現細小顆粒沉淀。
3. 小心地將沉淀逐滴均勻地加入培養細胞的10cm平板中,輕輕晃動(dòng)(此過(guò)程需盡快完成)。
4. 在5%CO2的加濕培養箱中培養細胞2-6 hr。
5. 除去培養液,加入10ml*培養液培養細胞1-6天(依具體情況而定)。
6. 收集細胞進(jìn)行基因活性的檢測,或分散接種到其他培養皿中進(jìn)行選擇培養。
【注 意 事 項】
1.在整個(gè)轉染過(guò)程中要保持無(wú)菌操作。
2.在實(shí)驗中使用的各種試劑都必須小心校準,保證質(zhì)量。
3.質(zhì)粒DNA 需CsCl純化,乙醇沉淀后的DNA應保持無(wú)菌,在無(wú)菌水或Tris- EDTA中
溶解。
4.沉淀物的大小和質(zhì)量對于磷酸鈣轉染的成功至關(guān)重要。在磷酸鹽溶液中加入DNA-CaCl2
溶液時(shí)需用空氣吹打,以確保形成盡可能細小的沉淀物,因為成團的DNA不能有效地黏附
和進(jìn)入細胞。
二、電穿孔和電融合技術(shù)
[實(shí)驗原理]
當細胞置于非常高的電場(chǎng)中,細胞膜就變得具有通透性,能讓外界的分子擴散進(jìn)細胞內,這
一現象稱(chēng)為電穿孔。運用這一技術(shù),許多物質(zhì),包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)、藥物、抗體和
熒光探針都能載入細胞。作為一種基因轉導方法,電穿孔已被廣泛用于各種細胞類(lèi)型,包括
細菌、酵母、植物和動(dòng)物細胞;而且,它還能作為注射方法(稱(chēng)為電注射),把各種外源物
質(zhì)引入活細胞。與其他常用的導入外源物質(zhì)的方法相比,電穿孔具有很多優(yōu)點(diǎn)。首先,不必
象顯微鏡那樣使用玻璃針,不需要技術(shù)培訓和昂貴的設備,可以一次對成百萬(wàn)的細胞進(jìn)行注
射。第二,與用化學(xué)物質(zhì)相比,電穿孔幾乎沒(méi)有生物或化學(xué)副作用。第三,因為電穿孔是一
種物理方法,較少依賴(lài)細胞類(lèi)型,因而應用廣泛。實(shí)際上,對大多數細胞類(lèi)型,用電穿孔法
基因的轉移效率比化學(xué)方法高得多。
除了能使細胞膜具有通透性,讓外界的分子擴散入胞液中以外,高強度的電場(chǎng)脈沖也能引起
細胞融合,這一現象叫做電融合。然而,在用電脈沖融合前必須使細胞相互緊密接觸,這一
電融合方法在原生質(zhì)融合制取雜交植物,胚胎細胞相互融合制備動(dòng)物克隆方面非常有用,尤
其在制取雜交瘤細胞制備單克隆抗體方面用處很大。幾個(gè)實(shí)驗室已證明使用電場(chǎng)電融合效率
比常規的化學(xué)融合方法高10到100倍,近來(lái),貼壁細胞的電融合還被用來(lái)研究細胞融合時(shí)
細胞的骨架成分和細胞器的動(dòng)力學(xué)重排。
[儀器、材料和試劑]
(一)儀器:
脈沖發(fā)生器,樣品池:一個(gè)盛細胞的容器和兩個(gè)平行的金屬電極,CO2 培養箱,離心機,
顯微鏡,微量移液器,鑷子,剪刀,三角瓶,吸管,毛細管,離心管等。
(二)材料:
(三)試劑:
穿孔介質(zhì)(PM):15mmol/L磷酸鉀 1mmol/L MgCl2 250mmol/L蔗糖(或甘露醇)
10mmol/L HEPES 調節pH至7.3
融合介質(zhì)(FM):1mmol/L MgCl2 280mmol/L甘露醇 2mmol/L HEPES 調節pH 至
7.3
[方法與步驟]
一.懸浮細胞的電穿孔法:
1電穿孔進(jìn)行基因轉移
電穿孔可用于將多種不同類(lèi)型的分子載入活細胞中,操作步驟非常相似。以下我們用基因轉
移作為例子。載入其他的分子可按以下相同步驟進(jìn)行,只需把外源DNA換頁(yè)所需分子即可。
1.1 使細胞在適宜的培養基中生長(cháng),用胰酶處理,收獲對數生長(cháng)中期的細胞,并用腺酶處
理。
1.2 在穿孔介質(zhì)(PM)中至少洗一次。洗細胞時(shí),在臺式離心機上1000rpm離心3分鐘,
使得懸浮細胞沉降。然后,去掉上清液,在新的介質(zhì)中重新懸浮細胞。
1.3 計數細胞,在PM 中,濃縮細胞為大約1千萬(wàn)細胞/ml。
1.4 將 DNA 加到細胞懸液中,充分混合,使 DNA 均勻分散,用吸管吸一定體積的細胞
-DNA混合液到裝有電極的滅菌小樣品池中。
1.5 在電穿孔裝置上設置輸出電壓和脈沖寬度(脈沖寬度是指數衰減函數的時(shí)間常數,即
τ=RC,C 是電容,R 是樣品的電阻)。假如設備是 CD 脈沖型發(fā)生器,設定電容和并聯(lián)電
阻,以達到合適的τ值。
1.6 將小池放進(jìn)盛樣品的池中,啟動(dòng)電穿孔裝置,供給所需的電脈沖。
1.7 電處理后,向小池加1ml普通培養基,將細胞混合液從小池轉移到組織培養容器(培
養皿或培養孔)中,再加入一些培養基使之后的培養基體積適量。然后,將樣品細胞放回孵
育箱中使之在正常條件下生長(cháng)。
1.8 在測定轉移基因的表達量前電穿孔細胞各自培養的時(shí)間不同。
2檢測電穿孔效率和細胞存活率
2.1 除用羅丹明偶聯(lián)葡聚糖(1mg/ml)(分子探針)代替 DNA 外,將羅丹明偶聯(lián)葡聚糖
引入目標細胞的方法如前所述。
2.2 電穿孔后,用培養基洗滌細胞兩次,去掉胞外的熒光葡聚糖。
2.3 電穿孔后30min,向細胞懸液中加30μl臺盼藍,孵育2min,然后用培養基洗滌。
2.4 在1000rpm下離心3min,收集細胞,將細胞重懸于PM中,終體積100μl。
2.5 將一滴細胞液(30μl)置于干凈載玻片上,用蓋玻片蓋好,在顯微鏡下檢測細胞,測定
攝取熒光標記葡聚糖的百分數。
2.6 在亮視野鏡片下,死細胞可因染成藍色檢測出(攝取了臺盼藍),測定細胞存活的百分
數。
2.7 在各種電場(chǎng)設定值下重復實(shí)驗,畫(huà)出攝取葡聚糖率和細胞存活率對電穿孔參數的曲線(xiàn)。
這一曲線(xiàn)就將顯示對特定細胞類(lèi)型電穿孔的zui優(yōu)條件。
二.懸浮生長(cháng)細胞的電融合
融合懸浮細胞的步驟與電穿孔的很類(lèi)似,只是在進(jìn)行高強度的電場(chǎng)脈沖前后,必須用低幅、
高頻電場(chǎng)使細胞排成一條鏈。
1 用融合介質(zhì)(FM)洗懸浮細胞兩次,然后懸于 FM 中。洗滌細胞時(shí),在臺式離心機上
1000rpm下離心3分鐘,得到細胞沉淀,棄去上清液將細胞懸于新鮮FM介質(zhì)中。
2 將懸浮細胞轉移到相應的融合室內。假如要使兩種不同的細胞彼此融合,轉移前要充分
混合。
3 啟動(dòng)介電電泳場(chǎng),其振幅通常小于200V/cm,頻率在2MHz以?xún)?,用顯微鏡檢測細胞是
否排成一條鏈,調節振幅和頻率以達到zui佳效果。
4 讓介電電泳場(chǎng)開(kāi)約 1 分鐘后關(guān)掉,立即應用融合脈沖,其振幅數量級為 1kV/cm。脈沖
寬度小于1ms。在進(jìn)行融合脈沖后立即再次啟動(dòng)介電電泳場(chǎng),常規讓其開(kāi)啟約2分鐘。
5 關(guān)掉介電電泳場(chǎng),讓細胞在樣品池中靜置10分鐘。
6 去掉FM,用普通培養基再次洗滌細胞。
7 將細胞轉移到培養皿,加入普通培養基,在培養箱一般條件下培養。
[注意事項]
1 Zui優(yōu)組分依使用的特定細胞種類(lèi)而有明顯的變化。如果努力優(yōu)化電壓和脈沖寬度電穿孔
結果仍不令人滿(mǎn)意,就應嘗試改變穿孔介質(zhì)。
2 影響電穿孔/電融合的另一重要因素與細胞狀態(tài)有關(guān),為達到zui高效率,必須收集對數生
長(cháng)中期的細胞。
1.純化siRNA
在轉染前要確認siRNA的大小和純度。為得到高純度的siRNA,推薦用玻璃纖維結合,洗
脫或通過(guò)15-20%丙烯酰胺膠除去反應中多余的核苷酸,小的寡核苷酸,蛋白和鹽離子。注
意:化學(xué)合成的RNA通常需要跑膠電泳純化(即PAGE膠純化)。
2.避免RNA酶污染
微量的RNA酶將導致siRNA實(shí)驗失敗。由于實(shí)驗環(huán)境中RNA酶普遍存在,如皮膚,頭發(fā),
所有徒手接觸過(guò)的物品或暴露在空氣中的物品等,此保證實(shí)驗每個(gè)步驟不受RNA酶污染非
常重要。
3.健康的細胞培養物和嚴格的操作確保轉染的重復性
通常,健康的細胞轉染效率較高。此外,較低的傳代數能確保每次實(shí)驗所用細胞的穩定性。
為了優(yōu)化實(shí)驗,推薦用50代以下的轉染細胞,否則細胞轉染效率會(huì )隨時(shí)間明顯下降。
4.避免使用抗生素
抗生素會(huì )在穿透的細胞中積累毒素。有些細胞和轉染試劑在siRNA轉染時(shí)需要無(wú)血清的條
件。這種情況下,可同時(shí)用正常培養基和無(wú)血清培養基做對比實(shí)驗,以得到zui佳轉染效果。
5.選擇合適的轉染試劑
針對siRNA制備方法以及靶細胞類(lèi)型的不同,選擇好的轉染試劑和優(yōu)化的操作對siRNA實(shí)
驗的成功至關(guān)重要。
6.通過(guò)合適的陽(yáng)性對照優(yōu)化轉染和檢測條件
對大多數細胞,看家基因是較好的陽(yáng)性對照。將不同濃度的陽(yáng)性對照的siRNA轉入靶細胞
(同樣適合實(shí)驗靶siRNA),轉染48小時(shí)后統計對照蛋白或mRNA相對于未轉染細胞的降
低水平。過(guò)多的siRNA將導致細胞毒性以至死亡。
7.通過(guò)標記siRNA來(lái)優(yōu)化實(shí)驗
熒光標記的siRNA能用來(lái)分析siRNA穩定性和轉染效率。標記的siRNA還可用作siRNA
胞內定位及雙標記實(shí)驗(配合標記抗體)來(lái)追蹤轉染過(guò)程中導入了siRNA的細胞,將轉染
與靶蛋白表達的下調結合起來(lái)。
RNAi研究的一般技術(shù)路線(xiàn)是:
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