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基礎掃盲貼:如雷貫耳的 BLAST 到底是 啥?

更新時(shí)間:2020-04-06瀏覽:1301次

BlastBasic Local Alignment Search Tool),可謂生信領(lǐng)域zui常用的工具,拿到1段序列(測序

結果,或設計好的引物等等),1般都會(huì )去 blast 1下,查找相似序列。在查找相似序列的基

礎上衍生出了各種作用,比如鑒別基因組,蛋白質(zhì),查找特定靶區,檢驗引物特異性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人開(kāi)發(fā)出來(lái),NCBI 引進(jìn),至今還在改善,更新算法。

量身選用數據庫

BLAST 不僅要考慮選擇哪種算法,還要考慮選哪個(gè)數據庫來(lái)比對。我們zui常用的可能就人

1222類(lèi)或小鼠基因組+轉錄組,但仍可根據自身情況選擇合適的數據庫,能大大節省檢索時(shí)間,

并提高返回的結果的質(zhì)量和特異性。

不過(guò)這么多庫怎么選呢,可以點(diǎn)1下旁邊的問(wèn)號(Help),查看選所的數據庫的說(shuō)明:

再者,如果你已經(jīng)知道你要查的序列來(lái)自哪個(gè)物種,或你要跟哪個(gè)物種比對,也可以在

Organism 選項框中輸入,也可以減少 BLAST 的操作程序,節省時(shí)間。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手術(shù)器械似的,不同的算法干不同的活,得根據自己需要的信息,選擇需

要的工具??梢钥吹綑z索頁(yè)面上方有 5 個(gè)選項卡,分別代表 5 種查詢(xún)類(lèi)型。

各大類(lèi)之下可能還有幾個(gè)小分類(lèi)可選:

它們的功能要點(diǎn)總結如下:

1224結果解讀

找1小段蛋白序列來(lái)試1下那個(gè)新算法 Quickblastp??赡苁俏业男蛄刑塘?,并沒(méi)有感覺(jué)到

Quick (0.0) 如果你的序列夠長(cháng)可以體會(huì )1下。

首先會(huì )看到1個(gè)表頭,展示這次比對的基本信息,如比對類(lèi)型、序列長(cháng)度、所選的數據庫等

等,就不貼圖了。

接下來(lái)就是圖形描述(Graphic Summary)。

1225第1部分是保守域,當檢測到時(shí)才會(huì )顯示。

第二部分是比對上的序列(hit)在查詢(xún)序列上的分布。有刻度的條帶是序列的坐標,其下的

每1個(gè)細條帶代表1段 hit,其顏色是按上方的顏色標尺顯示比例得分(alignment score),

得分越高,相似度越高。另外還可注意 E value,E 值越低,相似度越高,點(diǎn)擊可顯示詳細信

息。

保守域也可點(diǎn)開(kāi)查看詳情,在每個(gè) hit 上懸浮鼠標可看到它編碼的蛋白的 3D 結構圖以及功

能等詳細說(shuō)明,在下方的列表中點(diǎn)開(kāi)+號還可看到具體的序列。

1226這樣便可對你的序列特征和功能有個(gè)大致的了解

 

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