Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可謂生信領(lǐng)域zui常用的工具，拿到1段序列（測序

結果，或設計好的引物等等），1般都會(huì )去 blast 1下，查找相似序列。在查找相似序列的基

礎上衍生出了各種作用，比如鑒別基因組，蛋白質(zhì)，查找特定靶區，檢驗引物特異性等等。

自打 1990 年由 Altschul SF 等人開(kāi)發(fā)出來(lái)，NCBI 引進(jìn)，至今還在改善，更新算法。

量身選用數據庫

做 BLAST 不僅要考慮選擇哪種算法，還要考慮選哪個(gè)數據庫來(lái)比對。我們zui常用的可能就人

1222類(lèi)或小鼠基因組+轉錄組，但仍可根據自身情況選擇合適的數據庫，能大大節省檢索時(shí)間，

并提高返回的結果的質(zhì)量和特異性。

不過(guò)這么多庫怎么選呢，可以點(diǎn)1下旁邊的問(wèn)號（Help），查看選所的數據庫的說(shuō)明：

再者，如果你已經(jīng)知道你要查的序列來(lái)自哪個(gè)物種，或你要跟哪個(gè)物種比對，也可以在

Organism 選項框中輸入，也可以減少 BLAST 的操作程序，節省時(shí)間。

不同的序列要用不同的算法

1223BLAST 工具跟1套手術(shù)器械似的，不同的算法干不同的活，得根據自己需要的信息，選擇需

要的工具?？梢钥吹綑z索頁(yè)面上方有 5 個(gè)選項卡，分別代表 5 種查詢(xún)類(lèi)型。

各大類(lèi)之下可能還有幾個(gè)小分類(lèi)可選：

它們的功能要點(diǎn)總結如下：

1224結果解讀

找1小段蛋白序列來(lái)試1下那個(gè)新算法 Quickblastp?？赡苁俏业男蛄刑塘?，并沒(méi)有感覺(jué)到

Quick (0.0) 如果你的序列夠長(cháng)可以體會(huì )1下。

首先會(huì )看到1個(gè)表頭，展示這次比對的基本信息，如比對類(lèi)型、序列長(cháng)度、所選的數據庫等

等，就不貼圖了。

接下來(lái)就是圖形描述（Graphic Summary）。

1225第1部分是保守域，當檢測到時(shí)才會(huì )顯示。

第二部分是比對上的序列（hit）在查詢(xún)序列上的分布。有刻度的條帶是序列的坐標，其下的

每1個(gè)細條帶代表1段 hit，其顏色是按上方的顏色標尺顯示比例得分（alignment score），

得分越高，相似度越高。另外還可注意 E value，E 值越低，相似度越高，點(diǎn)擊可顯示詳細信

息。

保守域也可點(diǎn)開(kāi)查看詳情，在每個(gè) hit 上懸浮鼠標可看到它編碼的蛋白的 3D 結構圖以及功

能等詳細說(shuō)明，在下方的列表中點(diǎn)開(kāi)+號還可看到具體的序列。

1226這樣便可對你的序列特征和功能有個(gè)大致的了解